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平知盛の後裔といい、初代知宗は大宰府府官惟宗氏といわれ、寛元四年（1246年）、大宰府に反抗した対馬の在庁官人阿比留氏を重尚に討たせ、
鎮西奉行少弐資能から対馬地頭職を得た。重尚から宗氏を名乗る。助国は、元軍の対馬来襲に力戦、戦死した。
経茂は少弐貞経に従って北条英時を討ち、その子頼茂は少弐頼尚の下で尊氏上洛に従い、戦功により対馬支配の実権を把握した。
貞茂は応永十五年（1408年）三根村に居館をおいた。子貞盛は少弐教頼を援けて、大内持世の来攻に抵抗したが制圧され、
宗氏は筑前の権益を失い、以来、貿易による領国経営策をとり、嘉吉三年（1443年）朝鮮との交易を取り決めた。
十二代材盛は少弐政資を援けて、大内義興と戦い、敗れて本土を喪失、十三代義盛から大内氏（義興）に属した。
十六代晴康は天文十五年（1546年）に島内三十八氏の宗姓の使用を禁じて領主権の確立を図った。
十七代義調は、積極的な経営を行い、家督を将盛の子に譲ったが、引き続き後見した。
天正十五年、秀吉によって対馬の知行を安堵された。翌十六年義智が襲封し、文禄元年（1592年）より朝鮮出兵の先導を務め、また両国の和議の交渉に当たる。
関ヶ原の戦いでは西軍に属したが、本領を安堵され、慶長十二年（1607年）家康の指示によって両国の講和を成立させ、功を賞された。
元和二年（1616年）義成襲封、柳川調興との内紛を解決し、以後朝鮮との唯一の交渉権を認められ、格式十万石の大名となる。
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